退伍军人刘义遭遇空难，流落荒岛，为生计杀野猪、斗野人。然而奇怪事情频繁发生，一名从天而降的黑纱女子，一颗突然出现在手心里的黑色小点，刘义从此被迫开启了神修之路……
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
三眼国王要占领魔方市，失误将神奇能量道具散落各处，而皮皮鲁恰巧通过神奇能量道具意外闯入缩小玩具世界，重启冒险之旅！一场神奇能量带来的奇妙体验，一场重创三眼国王阴谋反击战拉开序幕！
