十万年前，忘仙宗老祖陈玄无敌于天下却在巅峰时退隐，无人知晓，他是因系统金手指故障无法继续突破，担心晚节不保，才隐居世间的。某天，宗门后代女弟子前来求救，却让系统成功重启。只要培养后代，他可以继续变强，可以继续独断万古！躲了十万年的玄天帝，带着全新的金手指出山了。
北辰世家镇守北境灵障，与五大家族共治高武世界。庶子萧烬血脉平庸，遭师父林烨暗算身亡，意外重生回到启灵大典前夕，觉醒逆天系统，决心复仇改命。他收服叶岚，当众斩杀林烨，潜龙宴强势立威；硬接家主林苍一击，吞并寒渊阁，入灵境得上古神兵与玄铁黑剑，蝉联启灵榜首，与祖龙契约斩杀林影。后加入玄龙卫，助叶岚修复道基，收服灵宠洗髓伐脉，追查叛徒与魔教，策反洛无影，平定叛乱家族。林苍揭穿其重生身份，萧烬坚守道义不弃同伴，终获认可，一步步登顶北辰世家权力巅峰。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
故事发生在原本美丽和平的魔仙世界中，现在，这里已经很久很久没有传出过音乐声了。魔仙女王姬丝美莎的童年玩伴美乐蒂失踪了，也许消失的音乐和美乐蒂的失踪有着千丝万缕的关联。姬丝美莎派出了魔仙堡的小蓝，还有双子星公主贝贝以及美琪、美雪等人来到人间寻找最美丽的音乐“梦幻协奏曲”，同时答应美乐蒂的情报。
