五十年前，龙城意外穿越，孤立无援的人类军队，毅然扛起地球文明的旗帜，直面异界万族掀起的恐怖狂潮。五十年后，孟超获得重生，惊喜发现通过为文明做贡献就能让自己变得强大。于是，重生归来的他拳打狰狞怪兽，脚踩邪恶恶魔，手撕恐怖古神，强势镇压异界。这一世，他立下誓言，定要改写自己和父母的命运，更要扭转全人类的结局！
伊里达游太（井上麻里奈 配音）只是一个平凡的高中男生，沉默寡言而又不露声色。一场意外之中他竟然灵魂出窍，就此来到了名为古来馆的公寓之中。为了找回肉身，游太必须找到隐藏在公馆之中的圣典，就这样，小小的一幢公寓成为了游太的整个世界。
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
