影子特工再度来袭！宝石族精灵竟然成了关键所在！东方桃子与伙伴们一边为救治师父森木宇冲击仙蜜试炼赛冠军，一边暗中追查潜伏在参赛者中的卧底，可她并不知道，一个为她量身打造的致命陷阱已在前方静静等候，而这一切竟然牵扯着千年前黑星卡师的秘密。
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
