前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
已长生十万年的苏逸，曾经见证沧海桑田，也曾在历史中指点诸多名人，在终结神魔之后归隐山林，沉睡多年后因外星人的入侵苏醒，以学生身份重返都市，凭借十万年的记忆与阅历扮猪吃虎、打脸各种反派。
神秘游戏公司天运集团发布了大型网络游戏天启，令人没想到的是，全世界所有人都被卷入了天启的游戏世界。主角张奕在上一世天启八年遭到兄弟和爱人的背叛而死，重生后回到了天启降临的那天。凭借着上一世的记忆，张奕在开局得到了亿里挑一的神级天赋。为了能够手刃背叛他的敌人，张奕利用天赋与从上一世带来的超级神器，在这一世开始追逐更为强大的强大，同时也开始探索关于天启世界那些不为人知的秘密。
这里是，“人”“神”“魔”各个种族混杂在一起的神秘世界密斯塔尔希亚。快活的玛娜莉亚王国公主“安”，内向的龙族公主“格蕾尔”。自两人的相遇之后，玛娜莉亚魔法学院的生活开始了。
