当冰冷的子弹穿透胸膛，卧底警察最后看到的，是组织首领那张带着嘲讽的脸 —— 他潜伏三年，却因身份暴露，最终死在亲手收集的证据被毁的前一刻。带着未能将犯罪集团连根拔起的遗憾，陆沉闭上了眼睛，可再次睁眼时，刺眼的阳光与熟悉的出租屋让他猛然惊醒：他竟重生回到了三年前，正是自己刚接受卧底任务，准备潜入 “暗鸦” 组织的那一天。
架空战国时代的日本被未知生命体“鬼神”统治已有150年，唯有“武士团”反抗其统治，一直不懈抗争。武藏和小次郎也曾向往着武士，发誓有朝一日结成最强的武士团。可是，他们所生活的城镇却将鬼神奉为神明，将武士视为异端。武藏只能将梦想藏在心中，直到有一天，他遭遇了人类被鬼残忍杀害的一幕。为了重拾与小次郎的誓言，武藏向强大的鬼发起了挑战…！
