天外陨石引发全球海啸与红雾变异，海洋沦为吃人炼狱。幸存者林渊遭女友背叛、被“好兄弟”抛弃，却在绝境中觉醒SS级基因能力“机械主宰”，可拆解万物升级载具。他从破木筏起步，一路猎杀海兽、血洗海盗、解构沉船升级为导弹驱逐舰，以现代重火力碾压畸变怪物与异教徒。
现代超市老板赵守业绑定“超市系统”穿越大乾饥荒年。绝境开局，他将现代超市里的廉价百货，化作乱世中活命的仙丹与造神的法宝，以‘降维打击’般的科技狠活轻松收服天下奇才，更凭一辆摩托征服皇帝，两人骑着重机车结为过命兄弟。赵守业祭出无人机轰炸、全息投影与“没良心炮”，用现代工业魔法对冷兵器大军展开嚣张的降维打击，平定乱世、肃清朝堂。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
烦恼星人入侵地球，制造各种各样的烦恼，让你起不了床，读书记不住，体重爆表！这些烦恼持续太久后，还会把你也变成烦恼星人，人类就此陷入灭种危机！幸好，钻石天文台智商500的女娃博士用“勇气”和“快乐”研制出了超迷你战士，用正能量帮助你打败烦恼星人！你是不是，有说不出的烦恼？呼叫呼叫！超迷你战士马上来到！
