家喻户晓的神话人物孙悟空将会在这一部动画系列剧中化身为“齐小天”，一个着迷于《西游记》古老传说的少年，他梦想着能成为和孙悟空一样伟大的神话英雄。一个偶然的机会，他在山顶发现了金箍棒——很久以前，为了将牛魔王永久封禁在山中，孙悟空曾把它插在山顶作为封印。由于金箍棒被拔出而封印解除，牛魔王得以重返人间作恶，而齐小天必须踏上一段充满艰难险阻的征程，在与恶魔的战斗中重新塑造自我，成为新一代神话英雄。
因过去的心理阴影而以独自的别扭思考回路讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，由于意外的事件而被生活指导担当教师平冢静带去“侍奉部”并加入其中。他和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到文化祭实行委员的运营，度过着解决各种案件的每一天。时至秋日，八幡等二年级学生前去修学旅行。此时，侍奉部接收到的委托究竟是！？随着新登场的一色彩羽的加入，他们的关系更加错综复杂。——八幡空虚的价值观也有了少许变化，在这些经验过后，他的高中生活又将迎来怎样的展开！？
30年前，未知的“侵略性外来生物”突然出现，世界曾一度濒临毁灭。人类与这些被称为“侵略种”的生物相互争夺生存空间。虽然目前人类的安全勉强得到了保障，但世界随时可能走向终结。人们在恐惧死亡与毁灭的同时，只能对危险和灾难视而不见，麻木地过着日常生活。在这样的世界里，联合国危险生物调查机构“EXCEEDS”为了抵御“侵略种”带来的危机与灾害，开始了行动。故事的开端位于远东的岛国“瑞穗”。一位在离岛上生活、以驱除“侵略种”为业的猎人少女——久濑椎名。她唯一的愿望就是与家中唯一的亲人妹妹刹那平静地生活下去。然而，降临在椎名身上的事件究竟是——？
万年之前，刀祖斩杀剑皇，从此天下剑修被贬低、欺凌，直到一个少年出世……
魔王帝国从沉睡中苏醒，并开始征服地球，继承了古代穆帝国血脉的响尾神明与穆的守护神雷丁合二为一，共同对抗化石兽。
