利欧（松冈祯丞 配音）是出生和成长在孤儿院的男孩，某一日，他脑海中突然涌入了日本大学生天川春人的记忆，此时的利欧才发现，原来自己是通过转生才来到这个剑与魔法的世界中的。恢复了记忆的利欧察觉到自己体内潜藏着强大的魔力，于是决定用这份魔力来做一些有意义的事情。机缘巧合之下，利欧被破格录取进入了贵族子女云集的女校就读，在这里，利欧结识了很多可爱的女孩子们——性格直爽的天才魔导师瑟莉亚（藤田茜 配音）、活泼开朗的兽人少女莱娣法（楠木友利 配音）以及利欧在原来世界的青梅竹马绫濑美春（原田彩枫 配音）。
天才高科技少年侦探狗十一，意外遇上拥有百变能力的系统魔方小白。二人肩负使命，踏上穿越时空之旅，只为修复错乱的地球时间线，解开世间各类未解之谜。他们穿梭古今、跨越地域，开启一场场惊险又趣味满满的科学冒险：奔赴巴黎夜幕，与传奇侦探福尔摩斯联手追捕神秘的开膛手杰克；探秘尼斯湖深处，追寻水怪的踪迹；穿越远古三星堆，破译古蜀文明隐藏的千古秘密；驾驶直升机勇闯百慕大三角，倾力寻找失踪亲人的下落。狗十一与小白深陷一桩桩趣味科学谜案，在时空现场并肩作战、守护城市安宁，一路破解谜题、化解危机，最终迎来与宿敌开膛手杰克的终极巅峰对决！
这是一个跨越千年的故事。以表演人偶为生的青年国崎往人（小野大辅 配音）行走到了一个海边的小镇。四处游走的往人一直在寻找着“空中的少女”，这是往人的母亲逝世前曾一直对他说的话。原来流传着这样一个故事。有着翅膀的女孩被视为不幸的象征，终日被关在不见光的房间里，直到遇到那个命定的少年。二人就这样相爱了，但这恋情是不被允许的。于是女孩受到诅咒，陷入了轮回之中。往人在小镇里邂逅了少女神尾观铃（川上伦子 配音）。体弱多病的观铃和传说中的女孩极其相似。而他们的相遇如同千年前的那个传说，轮回的齿轮又开始了不休的运作…… 本片根据Key社著名的同名游戏改编，还有同名剧场版动画。
故事讲述3个14岁的“鬼”孩子和她们的“胖次”的故事。
