《命运石之门第二季》主人公冈部伦太郎经历无数的苦难，跨越了尽头悲哀的放弃了挽救“她”的世界线的故事。 失意至底的冈部伦太郎。 被“封印”的“凤凰院凶真”。 担心他的伙伴们。 新登场的角色们。 未被拯救的“她”到底怎么了？ 《STEINS；GATE》中没有登场的新的角色迎来被描绘的“0”的故事。 是的，那里的“她”现在也在——
因儿时的一场误会而分道扬镳的姚灵与胡小臻，长大后在学院中再次重逢。痴情女主希望与男主续写甜蜜之旅，却因神秘管理员——马神的出现，“意外”频发。在马神的设计引诱下，二人成为了代理管理员，以帮助灵体达成夙愿为条件，来延续他们的爱情修行。通过一次次任务的历练，胡、姚二人感情日渐深厚，向着正果之路进发。但马神的真实目的逐渐牵连出世界背后的运转法则，越来越多的神秘和危险横亘在男女主之间。
