喜羊羊及灰太狼等一众守护者们为了提升能力，进入深山密林进行特训，他们分别找到了传说中的两所训练营，羊狼们分别进入不同的训练营，开始了各自神奇奇术和炫酷发明的训练生涯。训练过程中笑料频出，大家克服重重困难学到了本领，也建立起深厚的友谊，两大阵营联手迎击来自未知世界的反派，开启羊村守护者全新的篇章。
从忍者村逃出的女忍者佐藤子在都市中晕倒，被路过的女高中生木叶所救。然而，这只是暂时的，因为佐藤子被村里的追捕者发现了。然而，木叶却轻松击败了追击者。 ……她的真实身份，竟然是杀手！一个天真的女忍者和一个刺客女高中生开始了她们危险的生活！
