一千年前，血月当空，空间裂缝开启，怪兽时代降临！无数怪兽，肆虐全球，就在人类即将面临着彻底灭亡的时刻，兽魂师的诞生，给全人类带来了希望的曙光，伴随着兽魂师的一代代传承和发展，人类成功创造出了新的文明秩序来对抗怪兽的入侵！
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故事发生在太正三十年，帝国华击团花组的组长神山诚十郎（阿座上洋平 配音）出国公干，由天宫樱（佐仓绫音 配音）担任代理队长的职务，然而，神山的任期未满便突然返回小组中，还带回了一位名叫克拉拉（早见沙织 配音）的陌生少女。克拉拉隶属于莫斯科华击团，她所在的小组因为一场意外而全军覆没，克拉拉是其中唯一的幸存者。个性大大咧咧，宛如男生一般粗鲁的暴力巫女东云初穗（内田真礼 配音）、拥有超高智商的天才忍者望月蓟（山村响 配音）、身材高挑英姿飒爽男女通吃的帕尔玛（福原绫香 配音），花组的成员们齐心协力，试图调查莫斯科华击团覆灭的真相。
