"具有强大力量的电子生命体——像素霸主诞生了！他麾下的干部“天线博士”率先来到现实世界，召唤出不同的像素怪人，通过城市破坏来搜集经验值，让像素霸主能够降临世间，统治世界！ 为了守护地球安全，迷你特工队使用全新装备“超次元召唤器”来对抗像素霸主！被称作“天才玩家”的人类男孩小凯，意外激活了超次元召唤器的真正力量！并且，凭借自身的强大能量和玩家经验，小凯能够为迷你特工队充能、提升战斗力，破解像素怪人作乱的招式，双方逐渐成为默契十足的搭档！ 迷你特工队和小凯在嘻闹玩乐的日常生活、并肩作战的战场经历中，一步步成长为
作品的舞台是战乱不绝的“肯修姆”大陆，其中拥有青之瞳的王国“瑟古亚”与拥有赤之瞳的帝国“尼特鲁多”围绕着大陆的占有率而不停开战，一直处于劣势的青之瞳的王国“瑟古亚”，因音速少年基亚的登场，改变了一直以来处于劣势的战况，故事便由此展开了。
故事发生在位于千叶县的立总北高中内，小野田坂道（山下大辉 配音）是一名彻头彻尾的御宅族，沉迷于二次元文化之中。在小野田的整个初中时代，他都没有能够找到志同道合的同好，因此他做出了一个决定，那就是一定要在高中加入动漫社。哪知道动漫社因为人员不足而解散了，这让小野田好不容易燃起的斗智宛如浇了一盆冷水
