时为战国。醍醐之国主景光，在某所寺院的大堂中，向12尊鬼神像许愿领土繁荣。作为交换而诞生的景光之后嗣，身体各处都有所欠缺，被视作不祥之子而抛弃到河川之中。时光流逝，鬼神实现了与景光的约定，国家迎来了平安。这样的某天，名为“多罗罗”的年幼盗贼，与某个男人相遇。那是鬼，还是人——两臂装有刀剑，全身皆为人造的男人“百鬼丸”，其无光之瞳紧紧盯着袭来的妖魔。
楚剑秋偶得混沌天帝诀，从微末中崛起，踏上万界征程！一念崩星海，一念裂苍穹！一念诛妖鬼，一念葬神魔！俯瞰诸天神域，谁敢争锋？这，就是天帝之威！
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
天下第一奇门传人楚尘，学成下山途中，意外封印了自己的双魂五魄，当了五年的傻子上门...
