该剧以雍国外交机构“四方馆”为背景，讲述身处这一片小小天地中的元莫（檀健次 饰）、阿术（周依然 饰）、王昆吾（杜淳 饰）、尉迟华（阚清子 饰）等四方志士胸怀理想，为家国和正义勇敢奔赴、砥砺前行的故事。
11岁时，艾伦（格兰特·古斯汀 Grant Gustin 饰）的母亲离奇死亡，而他的父亲则被当成了凶手。之后，警探乔（杰西·马丁 Jesse L. Martin 饰）收留了孤苦伶仃的艾伦，在乔的耳濡目染之下，成年后的艾伦成为了一名CSI鉴证分析员，在此过程中，他一直没有放弃过对于母亲真正死因的调查。艾伦十分迷恋科学家哈里森（汤姆·加瓦那 Tom Cavanagh 饰）所研究的粒子加速器，然而，一场意外让加速器发生了爆炸，艾伦被击中陷入了昏迷。九个月后，终于苏醒的艾伦惊讶的发现自己体内产生了神奇的变化，因此而获得了特殊能力。随着时间的推移，艾伦开始明白，这个世界上，还有很多和自己一样拥有超能力的人存在，而保护市民的安全成为了他新的责任和任务。
故事主要围绕方家一家人展开，方家以参茸海味店为祖业，十多年均由长女方沛琪（汪明荃）主理，现今发展已上轨道。琪一向是方家支柱，在外坚守祖业；在内则姐兼父职，对一向醉心于演艺事业的妹方沛恩（毛舜筠）及甚受方母宠爱的弟方沛辉，均严加管教，但却关怀备至，对母曾丽卿（谭倩红）则非常孝顺；而与方父老朋友兼海味店老伙计林汉忠（胡枫），感情甚佳，忠更视琪为契女。 琪欲放下事业、家庭的包袱与拍拖多年的男友结婚，却料不到男友已另结新欢，琪悲愤之余，决定提出分手。琪情变之时，幸得一位因工作而认识的朋友方咏诗（李司棋）开解，彼此后来更成好友。此时，诗母冯贵娥（南红）由美返港，透露诗与琪其实为同父异母的姐妹，二人均感晴天霹雳。 诗与琪本性格相投，二人亦惺惺相惜，然上代错综复杂之恩怨，加上重重误会，却把二人推到互不相容的地步，在事业及感情上均有纠葛。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
