斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
3022年，蔚蓝星被外星文明入侵，无数的战争机器通过传送站点来到了这里，战争机器疯狂缩小搜索范围，夏执序正在抵抗某种侵蚀......宇宙联邦派遣的队伍——阿尔法-300，同时出现在他的眼前。 “你能想象的魔法或者高等文明科技，其实是存在的。” 陈星瑶说出了这句话，她自称来自宇宙联邦纠察队——用可视化科技面板进行任务沟通，物品收纳，技能使用。 在接二连三的险情中，夏执序发现很多疑点，决定加入阿尔法-300，去变的更强，去探查那个真相。
在古老而神秘的喵星球上，有一种神奇强大的能量，它能释放各种能量精灵，为了防止这种强大的力量被坏人利用，喵能战士肩负守护喵星能量，维护宇宙和平的重任。“精灵宝匣”是召唤和收服能量精灵的神器，然而精灵宝匣被盗，能量精灵四处破坏，地球陷入空前危机，喵能战士即刻出击！
