架空战国时代的日本被未知生命体“鬼神”统治已有150年，唯有“武士团”反抗其统治，一直不懈抗争。武藏和小次郎也曾向往着武士，发誓有朝一日结成最强的武士团。可是，他们所生活的城镇却将鬼神奉为神明，将武士视为异端。武藏只能将梦想藏在心中，直到有一天，他遭遇了人类被鬼残忍杀害的一幕。为了重拾与小次郎的誓言，武藏向强大的鬼发起了挑战…！
宋皇徽寒宗赵佶深好蹴鞠，大奸臣高俅凭出色球技而被赏，得赐高官厚禄，但为己私利残害忠良、操纵蹴鞠胜负。北方金人强盛并举兵压境，提出以蹴鞠胜负决定国家存亡。高俅不顾国家利益和民族尊严，派杀手狙杀洪风、向流云等人。幸风、云二人在“太和楼”进身“齐云社”过程中苦练成“新月如钩”、“二人小出尖”、“昆仑三脚”等绝技，在好友索玉儿、金宝贝及高城侠女秋燕等人的帮助下，终于在生死存亡的危险关头，击败金人消除灭国之灾。并携徽宗特赐金靴举家避高俅追杀远走西域，传播中华蹴鞠文化于世界。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
