皇缠（诹访彩花 配音）是一名平凡的初中二年级女生，从小就离开了父母，和祖父母过着相依为命的生活，皇缠因此格外渴望亲情，也渴望着看似一成不变但实际上充满了小确幸的平静生活。草薙由麻（大空直美 配音）是皇缠的好友，同时也是身上流淌着巫女血脉的巫女候补，肩上背负着沉重的责任。某一日，两人在前往神社的路上遭遇了一连串的意外，一个行踪诡异的男人成为了危害小镇宁静的不安定因素，为了压制疯狂的男人，由麻进行了“神悬仪式”，然而，让所有人都没有想到的是，被神明附身而拥有了能够降妖除魔的能力的人，却是皇缠。
全集主角是一位憧憬山吹高中美术科，并以优异的成绩入学的少女由乃。因为家中离学校很远，而住在学校校门前的公寓“向阳庄”。住在隔壁的是同学年的同学宫子而在各自房间正下方的是学姐寻和沙英。因为同住在向阳庄而变得熟悉的不同性格的四人，每天都有着既奇怪又有趣的事情发生。
平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。
