百年前，多位法力神通的少林高僧合力将一位拥有无上功法的妖人封印。当这段历史即将被人遗忘时，少林迎来了一场灭顶之灾，巨大的破坏让封印有了一丝裂痕，这位不死的妖人将灵魂附身在了一位手无缚鸡之力的僧童身上。随着僧童逃跑，踏足武林，一场新的腥风血雨才刚刚开始。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
曾经，世界面临着被称为「邪龙」的邪恶存在所毁灭。
