从前有位“光之巨人”，他负责保卫世界和平，对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系，并在使命完成后离开了地球。时至今日，人类已进入了繁荣时代，但这只不过是和平的假象...现在，世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时，一个新的英雄出现了，他继承了光的基因。但是他并不高大，是一名中等身材、多愁善感的高中生，穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎，是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼，一个新的故事就此展开。
全集主角是一位憧憬山吹高中美术科，并以优异的成绩入学的少女由乃。因为家中离学校很远，而住在学校校门前的公寓“向阳庄”。住在隔壁的是同学年的同学宫子而在各自房间正下方的是学姐寻和沙英。因为同住在向阳庄而变得熟悉的不同性格的四人，每天都有着既奇怪又有趣的事情发生。
十万年前，忘仙宗老祖陈玄无敌于天下却在巅峰时退隐，无人知晓，他是因系统金手指故障无法继续突破，担心晚节不保，才隐居世间的。某天，宗门后代女弟子前来求救，却让系统成功重启。只要培养后代，他可以继续变强，可以继续独断万古！躲了十万年的玄天帝，带着全新的金手指出山了。
