《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
少年莫阳从备受欺凌的宗门废物，逆袭成长为觉醒远古血脉的强者的传奇故事。故事始于灵虚宗，莫阳因师父四长老之死而受尽同门羞辱，却在绝境中意外觉醒了体内封印的“星皇”传承，获得至宝“星皇塔”与无上功法《星皇经》。他自此叛出宗门，立志为师复仇，并踏上了追寻力量巅峰的道路。在旅程中，莫阳展现出惊人的炼丹天赋，以此积累资源，化解危机。他代表灵虚宗在四宗门武道盛会上一战成名，并因此结识了神秘宗门“乾宗”的师兄师姐，得知自己早已被一位神秘强者推算并收为弟子。莫阳进入玄天圣地，帮助圣女羽瑶复苏大帝遗留的“帝木”，并深入大荒山脉秘境，在那里获得了古神左眼的传承，正式确认了自己“太古神族后裔”的身份。
