当一场神秘的瘟疫导致男性人口迅速下降时，该国的女性被迫承担起江户社会的核心权力角色。德川幕府的第八任幕府将军吉宗很好奇为什么女性在继承家族血脉时要用男性的名字，她查阅了一份名为“末日编年史”的大奥档案，该档案可以追溯到德川第三任幕府将军家光时代。在通读这本书时，吉宗开始揭开内室的历史。
末世来临，恐怖笼罩整个世界，地球成为丧尸和变异生物的狩猎场。赵天磊（男主）意外获得神秘的超级系统，虽然他不是圣人，但是看到眼前人间的惨状，以及同学们一个个死去，又怎能做到袖手旁观，且看拥有超级升级和兑换系统的赵天磊，如何带领人类与群尸对抗，恢复人类文明。
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
为了逮捕宇宙罪犯（天才科学家）畸咕，银河警备队队长青龙一路追捕，但是在和畸咕战斗过程中掉入陷阱，误打误撞来到了地球。在地球上，青龙结识了善良、正义的小男孩天翼。不料畸咕也跟随着来到地球，在发现地球有丰富的物种资源之后决定改造地球生物成为他自己的军队。为了阻止畸咕侵略地球的计划，青龙、天翼和他们的伙伴们踏上了维护地球和平的全新征程。
