在科技发达的未来，网络上流传着一种真假不明、被称为“全息幽灵”的奇怪现象.初中一年级的天之河宙，启动了父亲留下的“数码暴龙机”开始能看到大家看不见的未知生物“数码宝贝”......
因为憧憬的前辈、摄影部部长牧之原的毕业，新任摄影部部长雨宫五月陷入了消沉。在朋友雾山杏的鼓励下，五月重新振作起来，购买了新的全景相机，却迟迟没有到货。发现卖家就在附近的五月和杏找到了学校附近的粗点心店，与漫画家秋山春乃相遇了。之后，摄影部与敷岛樱子的电影部合并，成为了“电影摄影研究部”（日语：シネフォト研究部），共同帮助春乃的漫画取材。
某一天，都市中突然出现了无数诡异扭曲的怪物，这些怪物会用会在晚上攻击或者扭曲影响普通人的心智，让他们变得类魔化
在古老而神秘的喵星球上，有一种神奇强大的能量，它能释放各种能量精灵，为了防止这种强大的力量被坏人利用，喵能战士肩负守护喵星能量，维护宇宙和平的重任。“精灵宝匣”是召唤和收服能量精灵的神器，然而精灵宝匣被盗，能量精灵四处破坏，地球陷入空前危机，喵能战士即刻出击！
故事設定在《CODE GEASS 反叛的魯路修》的四年後講述了兩名以高超的武藝廣為人知的傭兵，亞修和羅瑟的故事
