第二季故事舞台将以暗流涌动、风雨欲来的地界为背景延伸至更广阔，大人物小人物的恩怨情仇、各势力间复杂的利益斗争、灵界入侵的阴谋始末和主角一行人在乱世洪流中的使命抗争。
卡特公司利用人工降雨散播致命病毒，世界沦为末日废墟。少数拥有病毒抗体的人类，成为卡特武装部队的猎杀对象。失忆少年林野在废墟中醒来，意外免疫病毒，踏上逃亡与觉醒之路。他结识同伴、组建抗体者联盟，从逃亡者蜕变为人类希望，最终摧毁卡特阴谋，终结灾难，拯救世界。
在同学的眼中，二之宫峻护（间岛淳司 配音）是一个标准的硬汉，身手不凡的他和软妹子之间似乎总有一层肉眼看不见的隔膜，二之宫本人并不是十分在意。某一日，一个粉发的少女出现在了二之宫的面前，而二之宫被姐姐告知，从此刻起，他和少女的同居生活即将开始！原来，少女名叫月村真由（门胁舞以 配音），为了适应校园生活，真由必须要克服她的男性恐惧症，和二之宫同居正是治疗的一部分。之后，大小姐北条丽华（泽城美雪 配音）也以帮佣的身份住进了二之宫的家，就这样，在突然之间有了两个美少女相伴的二之宫，他的生活会发生怎样的变化呢？
遇到女鬼怎么办？正常人：“跑路。”阴阳师：“除灵。”僧侣：“度化”。 B漫读者：“追她！”霍折（男主）：“爷一拳打在女鬼脸上，然后揪着她的头发让她承认这个世界上根本没有鬼，最后把她骨灰都给扬咯！”
