《康熙微服私访记3》沿袭前两部借古讽今、针贬时弊的新派古装轻喜剧作品风格，分为“锦袍记”、“食盒记”和“铃铛记”三个单元故事组成。“锦袍记”中康熙（张国立饰）派大太监三德子（赵亮饰）回故里调查贪官一事，然而当牵扯进亲情之后事情开始变得难以取舍；“食盒记”由宜妃（邓婕饰）的亲戚噶礼送的食盒引发；而在“铃铛记”中，康熙竟然独身离宫，当起了普通老百姓。
本剧讲述了警察朱骁因追查721投毒抛尸案，导致身患抑郁症的恋人自杀身亡，丢失了警察初心，陷入彷徨，但仍然砥砺前行，最终破除迷茫，查清恋人之死真相，实现了自我治愈和自我拯救，重拾警察信心的故事。
故事围绕出身贫寒的牧野杉菜而发生，她被势利的父母强迫就读一所由在政经界最具影响力的四大家族，为培养优秀后代而创立的贵族学校：英德学园（Eitoku Gakuen），四大家族的继承人──道明寺司、花泽类、西门总二郎、美作明号称“F4”（Flower 4、花之四人组），在学校有着各种特权。
