1945年，盘桓与古老中国大地上空长达8年的阴霾终于散去，日本帝国主义的野心在中华儿女毫不动摇的钢铁意志面前遭受惨烈的挫败。然而，在山东枣庄附近，仍有抱着大东亚共荣圈梦想的顽固之徒做着最后的抵抗。这便是盘踞枣庄的宪兵司令松尾。为了拔除这枚顽固的钉子，刘洪所率领的铁道游击队派遣长枪队长孙玉田潜入伪军探听消息，谁知孙却叛变革命，成为威胁游击队的一枚定时炸弹。另一方面，躲过游击队围剿的松尾则改名易姓，混入黑帮与游击队继续进行抗争。
第三季讲述石垣医疗财团设立的第二季结尾之后的故事，刻画三年之后进化的石垣医院和医生们的成长。
