穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕，穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）帮助寻找搭档，孤枪侠也参与进来。FBI高层则派出探员约翰•多格特（Robert Patrick 罗伯特•帕特立克 饰）协助调查，但两个人的初次会面不欢而散。
一个充满奇幻色彩的设定——“多重平行世界”的碰撞
帕蒂和艾伦上次共事已经过去三年了。艾伦与高中好友克里斯·桑切斯重逢，后者最近刚从中东私人承包商高星公司（High Star）工作归来。由于无法获得公司或政府的帮助，艾伦决定调查他的案子。她的新老板和帕蒂都警告艾伦，不要对高星安保公司提起诉讼。
在新冠肺炎疫情爆发后，珍妮调查了一名护理员的神秘死亡事件，该护理员的尸体被发现在她的车里。
三山帮堂主连烨遭遇灭门惨案，联合发小榕城警局副局长李明远，花茉莉歌舞厅老板陈蝶衣查案复仇，破获日本特务头子松井次一郎为渗透榕城制造的各种诡秘案件，对抗日本侵略者，身先士卒，保家卫国的故事。
