因银行信贷主管秦晖的醉驾案，刑侦总队副队长李文海受上级指示，到南江市负责调查，此过程中却发现证据的矛头直指刑侦队长郑大为。在兄弟情和真相的矛盾中，李文海选择继续调查。随着调查的深入，李文海发现郑大为与秦晖，及不久前天海集团自杀的张主管有秘密的关联。通过刘洵提供的线索，更是发现了天海集团的众多问题，并将之悉数上报。后上级逐渐查明，不论是郑大为还是天海集团的证据均不成立，李文海这才逐渐意识到自己陷入了一个圈套，他反过来利用齐剑阳安排在他身边的刘洵，最终揭开了齐剑阳为多年前死去的哥哥复仇的秘密。
X档案关闭后，穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）被分开，穆德受命执行监听工作，斯科莉则回到学院读书，某日国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露一条消息，称在波多黎各接收到外星人的电讯，为了在特种部队之前找到外星人的证据，穆德只身前往，得知消息的斯科莉赶到穆德住处，从电脑中的旅客名单中找到线索，尾随来到波多黎各。
影片讲述了吉普赛·罗斯·布兰查德重获自由后的生活，包括与家人重新建立联系，以及最终与丈夫瑞安·安德森一起生活
