第二部剧情自力石死后矢吹丈终于东山再起开始,到原作的最后与孟德萨拉之战中,矢吹丈“化为白色的灰烬”结束
文化枢纽守护者玉龙化身凌小玉,与伙伴羊光光、菲袅遭遇魔盗联邦入侵。反派为从根源摧毁龙文化,穿越至五千年前的凌家滩,主角团紧随其后却失去所有超能力。他们被先民误认邪灵,结识质疑祭司谎言的少年阿福。反派破坏龙脉引发天灾,蛊惑先民砸碎玉器、颠覆信仰。凌小玉的“维持秩序”与阿福的“揭穿谎言”双双失败,最终阿福牺牲自我唤醒龙脉,凌小玉放下执念与之共振击退反派。先民将二人形象雕成玉龙与玉人,成为后世凌家滩文物的由来。
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动,人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了,并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了,人类取得了巨大的突破,开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心,向太空进发,人们将此称为新领域的时代。但与此同时,一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信,是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球,在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。