花垣武道是个生活潦倒的打工仔，有天，他得知国中时交往的唯一一个女友橘日向，遭罪凶恶的恶党组织“东京卍会”杀害。
阳城大学一夜之间被黑雾笼罩，校园变成充满考验的生存之地。顾清寒意外觉醒特殊天赋，成为隐藏在暗处的班长。面对失控的规则、恐惧的人群和接连不断的危机，她没有选择逃避，而是用智慧守护同伴、重建秩序。青梅竹马陆清宴始终陪在她身边，用勇气和信任为她挡下危险。两人带领同学团结协作，在一次次考验中学会责任、牺牲与坚持，也让冷漠的校园重新找回温度。当黑暗试图吞噬所有希望时，他们选择并肩向前，用善意凝聚力量，用行动证明：只要彼此守望，就没有无法战胜的困境。
2020 年 7 月 1 日。高中二年级的瑞穗正在度过最糟糕的17岁生日。我再也没有机会和我敬佩的前辈更亲近了，我的父母也完全忘记了我的生日……而且，由于不明传染病的爆发，社团比赛和修学旅行都被取消了，我觉得“我再也不会拥有‘闪亮的青春’了”。然而就在这时，他的青梅竹马木月突然宣称他是潜在男朋友。讲述主人公瑞穗与四个如家人般长大的青梅竹马之间的爱情故事。
夕丛雾香（桑岛法子 配音）是一名失去了记忆的少女，她的所有家当除了手枪和怀表，就是那仿佛是天生一般的杀手的敏锐和直觉。在一次行动中，雾香成为了杀手米蕾尤（三石琴乃 配音）的目标，但米蕾尤并没有下手，正相反，她们两人组成了杀手组合“NOIR”，与邪恶又强大的科西嘉岛黑手党展开了斗争。为了找回遗失的记忆，雾香和米蕾尤开始了她们的行动，随着调查的深入，一个名叫“索尔达”的神秘组织浮出了水面。而当雾香的记忆逐渐恢复的同时，她发现，她和米蕾尤的关系并非表面上所看到的那么简单，两人之间有了越来越深的隔阂。与此同时，早已被定性为“叛徒”的两人，也遭到了索尔达高层派出的“骑士”的攻击。
经过一番艰苦鏖战，救世主战部渡（瓦塔诺）终于和伙伴们打败了多古达及其暗黑军团，创界山（左开山）再次回复原本的秀美景色。在此之后，渡回到人类世界，和朋友们过着快乐的生活。然而好景不长，多古达的弟弟多坏达入侵与创界山息息相关的南斗七星星界山，七色彩虹失去色彩，黑暗重新笼罩大地。在这危急时刻，创界山的人民重新找回渡，请求他打败多坏达军团。渡从圣龙殿女王那里得到许多有用的道具，随后和龙神丸、忍部火美子（希米格）飞往星界山，与先行前往的剑部施巴拉古大师和古拿玛会合。激烈的正邪大战再一次拉开序幕……本片为《魔神英雄传》系列第二部。
