在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后，地球圈取得了短暂的和平。这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议，并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉翁的残党军“袖章”。
身为人类的海昕和夏凡，因为一次偶然的机会，得到了梦寐以求的魔法能量。并在魔仙希雅的同意下，成为了小魔仙，和希雅一起守护人类世界和魔法海洋。她们在帮助希雅调查污染魔法海洋的海兽时，结识了海萤堡的海达王子及其他一众魔仙。众人在寻求真相的路上遇到了很多困难，但大家团结一致，共同努力，一起渡过了重重难关。
