神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
为了迎接未知的挑战，闪电机甲全新升级加入作战，他们的机车可以变形为机甲状态，动物们可以通过跟小雨点结合进而召唤出带有动物特点的武器，对抗以霹雳为首的恐龙队。护卫队成员们在任务中相互协作，发挥各自特长，不仅帮动物们解决问题，还向动物们学习本领，一起成长！
在二十世纪袭击地球的大灾害“落星雨”之下，世界多数的都市遭到毁灭。但从陨石中发现的未知元素——万应素，让人类的科学技术加速发展，终于诞生出被称作“星脉世代”的、拥有特异之力的新人类。故事发生在世界最大的综合战斗娱乐项目“星武祭”的舞台，由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市“六花”。转学到星导馆学园高等部的特待生·天雾绫斗，为了实现自己的愿望，而发誓在这个都市中战斗。
云霄兵败黄河阵，亲人亡故、自身被囚麒麟崖，截教死伤惨重。濒死时绑定沐辰系统，得丹药重生，立誓复仇元始。她营救闻仲、斩杀云中子，依托商朝气运蛰伏，西岐一战诛杀龙吉，接连重创玉虚金仙，奇袭昆仑焚毁玉虚宫。界牌关通天摆诛仙阵力敌四圣，云霄汜水关证道圣人。通天遭玉帝暗算离世，云霄融合两大绝阵，斩杀二圣、废除封神榜，执掌截教复活同门，扭转封神劫数。
卡塔莉娜（内田真礼 配音）是含着金汤匙出生的千金大小姐，15岁那一年，因为撞到了脑袋而意外的获得了转生之前的记忆，卡塔莉娜震惊的发现，此时的她正处于前世的她特别喜欢的一款乙女游戏《FORTUNE LOVER》的世界之中，而她在这个世界里扮演的角色，竟然是游戏里专门设置用来妨碍游戏主人公恋情的邪恶反派，而她最好的结局是被流放，最坏的结局是死亡！金发碧眼黑心的抖S王子吉奥尔多（苍井翔太 配音）、拥有美艳的外表和扭曲的内心的吉斯（柿原彻也 配音）、拥有杰出音乐天赋的亚兰（铃木达央 配音）、魔性美少年尼克尔（松冈祯丞 配音），卡塔莉娜究竟要如何同他们相处才能够避免惨死的命运呢？
