末世降临，流浪的秦枫占领了一片能自己长出武器和弹药的神奇农场。他救下了被曙光基地赶出的灵岚、阿青、小禾三个女孩，面对曙光基地篡位者赵海和铁壁基地独裁者霍振武的侵略，秦枫等人依托神奇农场的出产，一次次将敌人打退。不但粉碎了坏人们夺取农场的阴谋，更是联合星云基地击毙了霍振武和赵海。最终，秦枫带领三个女孩回到曙光基地，从此农场也不再种植武器而成了人类复兴的火种。
故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
