主角惨遭陷害，被关进精神病院受尽屈辱，意外激活神魔典狱长系统。他的身体是一座特殊囚狱，体内囚禁着万神万魔的残魂。域外神魔大军即将入侵蓝星，意图释放囚徒毁灭世界。他一边镇压体内躁动的神魔，夺取强大神力，一边清算现实仇敌，对抗域外强敌。从人人讥笑的疯子，蜕变为执掌万神万魔的无上典狱长。
你是否想过，在霓虹璀璨的都市之下，潜藏着来自古老神话的怪物？你是否想过，在那高悬于世人头顶的月亮之上，伫立着守望人间的神明？你是否想过，在人潮汹涌的现代城市之中，存在代替神明行走人间的超凡之人？人类统治的社会中，潜伏着无数诡异；在那些无人问津的生命禁区，居住着古老的神明。炽天使米迦勒，冥王哈迪斯，海神波塞冬……而属于大夏的神明，究竟去了何处？在这属于“人”的世界，“神秘”需要被肃清！
他，国民级游戏天外江湖中的传说，“全球争霸赛第一人”“亿万玩家的精神领袖““第一帮派领导者”......鲜衣怒马少年得意之时，惨遭背叛，走下神坛逃离游戏世界，从此消失匿迹。 多年后，一个自称来报恩的少年出现了......
纳兹和他的朋友们争夺最强公会的称号，一段新的故事就此开始。在纳兹和他的朋友们离开的七年里，妖精的尾巴已经成为菲奥雷王国最弱的魔法师公会，但现在他们的目标是赢得大魔法锦标赛，这是一个决定第一公会的节日。锦标赛第四天，纳兹和伽吉鲁将对阵目前最强公会剑齿虎的双龙组合斯汀和罗格。纳兹凭借在公会中培养的感情以及压倒性的力量，击败了双龙强大的合体攻击魔法。凭借这场胜利，妖精的尾巴及其成员们跳起舞蹈，登上榜首，欢呼雀跃。
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
