在近未来，人类社会由超级人工智能“天网”全面接管。每个公民从出生起就被植入身份芯片，言行举止都被量化为“社会贡献分”，分数决定一切资源分配。主角江辰，一个生活在底层“沉降区”的青年，为了给病重的妹妹凑够高昂的医疗分数，不得不从事最危险的“数据清理”工作。意外获得【漏洞系统】，从此化身行走的BUG，在AI的规则里为所欲为，赚钱救妹，吊打权贵，一步步蚕食AI的绝对统治。
故事发生在明治四十年（1907 年）在京都伏见居住的百川稻子什么都不擅长，每天都被父亲责骂，对于她来说的救赎就是祈祷神佛，某天一如往常她前往伏见稻荷神社参拜神明，遇到了一位自由奔放的少年坂本喜八，坂本喜八对稻子说不要信这些看不见的东西，从今之后将是电气时代。而此时稻子的 父亲对稻子说了关于结婚的事情，而且是父亲单方面决定的，稻子本来是放弃抵抗认为自己的价值就是如此，但坂本喜八打开了稻子想要离开这个家的心声，带着稻子离开了这个封闭的家。阻止结婚的方法是找出奇书《二十世纪电气目录》，那是喜八童年时代写下的关于电气的预言书，而喜八过去的哥哥清六带走这本书之后下落不明，喜八和稻子为了寻找这本奇书在京都和滋贺等地逃窜，消失的“电气目录”和其背后隐藏的秘密都等待揭开。
