灭世洪水降临，90%的陆地被淹没在波涛之下，幸存者在孤岛上苟延残喘，浪潮汹涌，海兽肆虐。林歌在一块漂浮于茫茫海面的破木板上醒来，依靠大航海旅游系统将破木板一步步扩建，打造成移动的海上之城，并收服一众追随者，向着传说中的极北冰原进发，寻找灭世洪水的真相。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
