天外陨石引发全球海啸与红雾变异，海洋沦为吃人炼狱。幸存者林渊遭女友背叛、被“好兄弟”抛弃，却在绝境中觉醒SS级基因能力“机械主宰”，可拆解万物升级载具。他从破木筏起步，一路猎杀海兽、血洗海盗、解构沉船升级为导弹驱逐舰，以现代重火力碾压畸变怪物与异教徒。
全新《三国杀》大奖挑战赛横空出世，因人陷害禁赛两年的天才选手郭小野再度挑战巅峰。为了证明自己找回初心，和自己的本命武将郭嘉过关斩将，却在比赛中发现了骇人阴谋——游戏中的伤害竟然能传递给现实中的玩家！
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
