架空战国时代的日本被未知生命体“鬼神”统治已有150年，唯有“武士团”反抗其统治，一直不懈抗争。武藏和小次郎也曾向往着武士，发誓有朝一日结成最强的武士团。可是，他们所生活的城镇却将鬼神奉为神明，将武士视为异端。武藏只能将梦想藏在心中，直到有一天，他遭遇了人类被鬼残忍杀害的一幕。为了重拾与小次郎的誓言，武藏向强大的鬼发起了挑战…！
少年宁鱼被人毁掉丹田，受尽屈辱，在偶然之下进入了母亲留下的玉佩之中，发现了神魔养殖场，在养殖场内的神魔帮助之下，重塑丹田，走上了一条完全不同的肉身修行之路。
