《太乙仙魔录》为明代背景下的仙侠故事，讲述的是玄魔两道之间已经持续了数千年的纷争。因两道的决战接连两次发生在昆仑山，故又被称为昆仑之战。传说第一次和第二次昆仑之战玄门都在南极帝君和紫薇女帝的帮助下击败魔道，为中元界带来和平。我们的男女主角——小皇帝朱允炆和玄门弟子冷霜凝，正是南极帝君和紫薇女帝的转世。此番玄门内部生变，魔道众人也打算趁虚而入，第三次昆仑大战迫在眉睫。而这一次的大战的走向因为一股神秘力量的介入而显得更加阴云密布，中元界就此陷入危机。
亡国砚国的狐族公主姜瑾，魂穿乱世，险些沦为异族玩物，她奋起反杀逃出囚笼。逃亡路上，姜瑾收拢残将、解救流离百姓，组建瑾阳军。一路剿匪破敌，吸纳匠人、难民，积蓄人力物资。她挥师攻占孤城戈凤，修筑瓮城防御，开荒屯田，把残破小城打造成乱世庇护所。
架空战国时代的日本被未知生命体“鬼神”统治已有150年，唯有“武士团”反抗其统治，一直不懈抗争。武藏和小次郎也曾向往着武士，发誓有朝一日结成最强的武士团。可是，他们所生活的城镇却将鬼神奉为神明，将武士视为异端。武藏只能将梦想藏在心中，直到有一天，他遭遇了人类被鬼残忍杀害的一幕。为了重拾与小次郎的誓言，武藏向强大的鬼发起了挑战…！
