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U.C.（宇宙世纪）0079年，人类向宇宙发展并建立了多个巨大的卫星，让人类能够居住在宇宙中。卫星的居民们不堪忍受地球联邦政府对其剥削和压迫，遂宣布独立，更组建军队与地球联邦政府决一雌雄。在战争中双方先后开发了机动战士并投入战场。NEWTYPE少年阿姆罗·雷无意中驾驶上联邦军新开发的机动战士高达，卷入后来被称为“一年战争”中，并与其宿敌夏亚·阿兹纳布尔相遇。
新的恶势力登场，她就是卡奥斯的女儿“卡拉”，卡拉想要利用派尔来复活自己的父亲与之抗衡的现役英雄们和光环学院的学生们! 都在努力学习新技术。这时又一个新登场的胶冻族的成员“派尔”！失忆的派尔开始寻找自己的搭档。慢慢恢复的记忆还有他奇怪的行为，派尔到底是谁呢？光环学院的学生们是否能够成功阻止卡拉复活卡奥斯呢？
