"具有强大力量的电子生命体——像素霸主诞生了！他麾下的干部“天线博士”率先来到现实世界，召唤出不同的像素怪人，通过城市破坏来搜集经验值，让像素霸主能够降临世间，统治世界！ 为了守护地球安全，迷你特工队使用全新装备“超次元召唤器”来对抗像素霸主！被称作“天才玩家”的人类男孩小凯，意外激活了超次元召唤器的真正力量！并且，凭借自身的强大能量和玩家经验，小凯能够为迷你特工队充能、提升战斗力，破解像素怪人作乱的招式，双方逐渐成为默契十足的搭档！ 迷你特工队和小凯在嘻闹玩乐的日常生活、并肩作战的战场经历中，一步步成长为
鱼住陆生（小林亲弘 配音）是一个无论是长相还是性格都非常普通的男人。大学毕业之后，陆生并没有削尖了脑袋想要挤进大企业里，而是选择去便利店成为了那里的一名打工人，所有人都对陆生的选择表示不解，但陆生脑中有着他的算盘。森之目榀子（花泽香菜 配音）在一所高中里担任代课老师的职务，因为曾经的一段悲惨经历，导致榀子紧紧的封闭起了内心，不再接受任何人的关怀。陆生喜欢上了这样的榀子，默默的守候在她的而身边。野中晴（宫本侑芽 配音）是早早就离开了家走上了社会的早熟少女，在机缘巧合之下她喜欢上了陆生，并且知晓了他对榀子的感情。
