卡特公司利用人工降雨散播致命病毒，世界沦为末日废墟。少数拥有病毒抗体的人类，成为卡特武装部队的猎杀对象。失忆少年林野在废墟中醒来，意外免疫病毒，踏上逃亡与觉醒之路。他结识同伴、组建抗体者联盟，从逃亡者蜕变为人类希望，最终摧毁卡特阴谋，终结灾难，拯救世界。
很久很久以前，位于天空的白之王国和位于地上的黑之王国，一边保持着〈均衡〉一边进行着〈循环〉。但在某一时刻，强大的暗之王出现了。暗之王在侵略白之王国的同时，为了讨伐眼中钉巴尔而提议结下盟约。光之王艾莉丝，相信了使者阿德尔所说的盼望〈均衡〉的言语而结盟。即使在遭到阿德尔袭击之后，艾莉丝仍然相信斩杀了阿德尔的暗之王子，并立下一同为世界带来和平的〈约定〉。但两人的〈约定〉却遭到暗之王的践踏。不只是白，就连黑也企图毁灭的暗之王。发觉这一点的暗之王子，在地底发出哀叹之后，得到了飞越天空的力量，前往艾莉丝所在之处。暗之王子在镇压暗之军势，向艾莉丝伸出手的同时，一个世界宣告了终结……
两个老朋友竞争对手发现他们在竞争项目中是竞争对手试飞员，而一位共同的旧情人带着她自己的秘密回到他们身边。
猫眼三姐妹是专门窃取美术作品的盗贼集团，她们作案时总会留下带有猫眼三姐妹字样的卡片。被猫眼三姐妹所盗的美术作品都属于她们失散多年的父亲海因茨（一位著名的艺术收藏家）所拥有。犬鸣警察署刑警内海俊夫负责调查猫眼三姐妹的案子，但是逮捕行动却一次又一次因猫眼三姐妹逍遥法外而失败。来生瞳是内海俊夫的女友，经营一家同样名为“猫眼”的咖啡厅。内海俊夫却不知道，来生瞳即是猫眼三姐妹之一……
