在文明遍布星河的银河系，星际拾荒者凯恩与养父老杰克，搭乘“破晓号”飞船漂泊宇宙，靠打捞太空垃圾维生。一次意外，他获得了蕴含改变银河系命运的远古星核碎片。邪恶组织“虚空收割者”正搜寻碎片，妄图启动“归零协议”，释放暗黑势力覆灭银河。凯恩邂逅前星际联盟特工薇拉，二人并肩作战，对抗黑暗势力，粉碎阴谋，守护人类与银河系的存续。
“真的有哥哥的人才不会是兄控！”每天坑妹一万次的哥哥和暴走的妹妹相爱相杀，还有众好多基友加戏不断，日常小片段却会让人捧腹大笑不止。这个兄妹番才不是什么德国骨科......
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
