动画版《世界毁灭》是由制作过《攻壳机动队》系列的ProductionI.G担当制作。动画版与游戏的基本设定都相同，比如受困于毁灭世界委员会和砂之海之间的这个世界等等。但是女主角莫尔特携带了毁灭世界的秘宝，以及克里埃和莉?嗄分属两个对立组织的成员等，这其中有一部分设定是动画版新追加的。与游戏及漫画展开不同的情节这也正是动画版的魅力所在。动画上映同时，漫画也将于7月开始连载。
架空战国时代的日本被未知生命体“鬼神”统治已有150年，唯有“武士团”反抗其统治，一直不懈抗争。武藏和小次郎也曾向往着武士，发誓有朝一日结成最强的武士团。可是，他们所生活的城镇却将鬼神奉为神明，将武士视为异端。武藏只能将梦想藏在心中，直到有一天，他遭遇了人类被鬼残忍杀害的一幕。为了重拾与小次郎的誓言，武藏向强大的鬼发起了挑战…！
