在魂灵大陆，武魂决定命运。少年林天在六岁觉醒仪式上，测出先天满魂力十级，觉醒了罕见的双生武魂。他的主武魂是本体武魂，副武魂则是神秘的三尖两刃刀。为了不引人注目，他隐藏了副武魂。在高级学院中，林天结识了温柔坚定的爱人苏灵，以及热血好友赵虎和冷静好友风羽。在一次秘境历险中，林天意外获得珍贵的外附魂骨。在融合过程中，他的本体武魂竟将外附魂骨当作补品直接吸收，从而开启了无上神通天眼。随着实力增强，暗黑宗盯上了林天的天赋。林天与伙伴们携手对抗，巧妙利用双生武魂共享魂环、独立切换的特性，以及天眼的看破虚妄之能，一次次化解危机，最终粉碎暗黑宗的阴谋，踏上巅峰之路。
《灼眼的夏娜》TV第二季的故事将从小说第八卷开始讲起，以NDS游戏《灼眼的夏娜DS》中的登场人物，红世之徒，戏睡乡“メア”入侵御崎市开始开篇。据监督渡部高志所说，故事会对第一季的一些伏笔作出解释，并加入不少这个时代的小故事。第二季STAFF和声优会由原班人马担任，“钉宫之誓”依旧强势走高。夏天结束后，新学期开始了许多事物没有任何变化，但是同时也有不少事情逐渐发展着…池和吉田，绪方和田中之间产生了些许微妙的关系还有在我身旁，飘逸着长发的夏娜…但是，这一切似乎有着一丝奇怪的违何感在我们所不知道的地方，红世之徒再次展开了行动…
