奥斯特拉尔岛，位于萨摩亚群岛东南2000公里处。为了揭开这座已被地图抹去名字的岛屿的秘密，田上悠追随已故父亲的足迹，踏上了一段冒险之旅。在父亲的朋友威尔博士、妹妹多丽丝以及威尔自称“船长”的朋友的帮助下，悠前往岛屿，却遭到巨型企业“盖尔”和由猞猁夫人领导的“美洲狮帮”的追捕。就在悠和他的伙伴们终于抵达岛屿时，他们突然遭到一只神秘怪物的袭击。正当他们看似绝望之际，一个巨大的蓝色机器人出现，摧毁了怪物，救下了悠。尽管这是悠第一次遇到超越人类理解的存在，但他却感到一种莫名的温暖和熟悉感。
"具有强大力量的电子生命体——像素霸主诞生了！他麾下的干部“天线博士”率先来到现实世界，召唤出不同的像素怪人，通过城市破坏来搜集经验值，让像素霸主能够降临世间，统治世界！ 为了守护地球安全，迷你特工队使用全新装备“超次元召唤器”来对抗像素霸主！被称作“天才玩家”的人类男孩小凯，意外激活了超次元召唤器的真正力量！并且，凭借自身的强大能量和玩家经验，小凯能够为迷你特工队充能、提升战斗力，破解像素怪人作乱的招式，双方逐渐成为默契十足的搭档！ 迷你特工队和小凯在嘻闹玩乐的日常生活、并肩作战的战场经历中，一步步成长为
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