不会有什么有趣的事情发生吗？虽然智子心里发牢骚，但她自己并没有真正做任何事情，而是和小优以及突然闯入的黑帮（至少她是这么认为的）一起度过了慵懒的中学生活。有一天，智子用她找到的钥匙潜入了禁区屋顶。当我享受着一种奇怪的自由感时，一个我不认识的低年级学生偷偷溜到了屋顶上。智子非常慌乱，行为开始变得奇怪。
故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
