在这一续集里，主要描写的是一群围棋少男少女们如何面对前辈们留下来的恩恩怨怨，如何面对他们的友谊，如何面对发生在他们之间的情感冲突，导演把追求理想做为了全续集的重点，细腻的人物心理刻画和情感的塑造，进一步拉近了与现代青少年生活间的距离。新的续集中除了原女棋手方百花外，还增加了开小棋馆的女主人小芸，为能参加国手大赛而女扮男妆的 “陈公子”，及日本的“小百合”，使原本钢劲硬朗甚至有些残酷激烈的故事一下平添了几分柔美几分温情。 续集把“和谐”这一主题上升到一个高度，既表现为少男少女间的友谊、棋手间的关系，又更深层次的表现为一种亦敌亦友的态度、宽广和睦的人生境界、国与国间的真正情谊。 续集在围绕小主人公江流儿成为“围棋英雄”的情节设置中，还安排了一个“野蛮”的围棋少年高手“棋鬼王”，在日本少年棋手黑木与日本新“名人”组成的围棋三人组来到了中国时，危机之中凌云寺里的江流儿和“棋鬼王”抛弃前嫌与女棋手方百花组成了新三人组，于是挑战、迎战，一场惊心动魄的围棋大战，伴随着一件件让人始料不及的事件终于爆发了
曾经的一场人魔大战令两方人马都元气大伤，如今，战争的硝烟已然散去，却遗留下了诸多的难题要一一破解。人类为了赢得战争而锻造了大批拥有强大力量的武器，人们称之为“神诲魔械”，战争结束后，这批破坏力强大的武器的去向则成为了需要解决的首要问题，大家都同意将它们交由护印师来保管。
开学第一天，普通高中生五河士道（岛崎信长 配音）如常来到学校，不料遭遇了突如其来的“空间震”现象。同学们纷纷躲进避难所，士道想起与妹妹（竹达彩奈 配音）的约定，他不顾危险跑到街道上，却遇到一个穿着盔甲手持大剑的神秘美少女（井上麻里奈 配音）。美少女正要攻击他时，同班同学鸢一折纸（富樫美铃 配音）率领着AST部队，与她展开了激烈的战斗。随后士道被带入空中舰艇，他惊讶地发现司令官竟然是自己的妹妹！他还得知那名少女是“精灵”，一直以来困扰着人类世界的空间震现象，正是这种精灵造成的。要对付精灵，除了出动部队赶尽杀绝以外，还有另外一种方法，而这种方法只能依靠士道。那就是与精灵约会，感化她，让她爱上这个世界，爱上人类。平凡少年五河士道，能不能攻略这个绝美精灵少女？
