身负蛟龙血脉的李向天，被青梅竹马林菲儿勾结十大皇府之一的司徒血污蔑陷害，强行夺去了他的蛟龙血脉，将他关在铁牢挂在城墙三年，任人耻笑，打骂。幸好一位来自上位面的叶妃灵经过这里，收他为徒，带走了他的神魂，游历诸天万界几百年，收集功法秘技，增长见识。三年后，李向天神魂回体，携七条诸天最强血脉，十二种巅峰职业技能，三十六套万界至尊功法，七十二门玄妙最强绝技，一百零八道混沌法则强势归来！誓言要将曾经残害过他的人一个个踩在脚下。
少年莫阳从备受欺凌的宗门废物，逆袭成长为觉醒远古血脉的强者的传奇故事。故事始于灵虚宗，莫阳因师父四长老之死而受尽同门羞辱，却在绝境中意外觉醒了体内封印的“星皇”传承，获得至宝“星皇塔”与无上功法《星皇经》。他自此叛出宗门，立志为师复仇，并踏上了追寻力量巅峰的道路。在旅程中，莫阳展现出惊人的炼丹天赋，以此积累资源，化解危机。他代表灵虚宗在四宗门武道盛会上一战成名，并因此结识了神秘宗门“乾宗”的师兄师姐，得知自己早已被一位神秘强者推算并收为弟子。莫阳进入玄天圣地，帮助圣女羽瑶复苏大帝遗留的“帝木”，并深入大荒山脉秘境，在那里获得了古神左眼的传承，正式确认了自己“太古神族后裔”的身份。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
