故事的舞台设定在一个充满奇幻色彩的异世界，这里人、鬼、妖、仙并存，各方势力错综复杂。
凡人陆野两辈子只求安稳安家，穿越苦六年置办临江小院，却被青云仙尊玄斗法夷平。仙尊为他配婚，他舍弃天赋绝色的二小姐，选中憨厚平凡的长女玄婉清，一路拉板车载仙尊，笑料百出。爱慕二小姐的圣子重金求换婚约，反倒送出一座灵岛。
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
